1、定义不同：自来水是指通过自来水处理厂净化、消毒后生产出来的符合相应标准的供人们生活、生产使用的水；市政水，一般指的是道路两旁或者公园的绿化用水，及消防用水等。
2、要求不同：自来水水质由自来水厂负责，要求符合《国家生活饮用水相关卫生标准》；市政水应该达到《市政水质标准》的要求。
3、来源不同：自来水主要产生于水厂的取水泵站汲取江河湖泊及地下地表水，再在各种工艺流程处理之后通过配水泵站输送到各个用户；市政污水主要来源为生活污水。
自来水消毒大都采用氯化法，公共给水氯化的主要目的就是防止水传播疾病。
市政水水质相对稳定，但浑浊、深且具有恶臭，呈微碱性，氮磷含量高，一般不含有毒物质，同时生活污水很适合各种微生物的繁殖，因此常含有大量的细菌(包括病原菌)病毒和寄生虫卵，此类污水可生化性好，属于比较容易处理的污水。