申扎县平均地海拔4700米以上，县城所在地海拔4672米，最低与最高峰相差1900多米。申扎县隶属西藏自治区那曲市，申扎藏语意即洁白、透明，无暇的精盐。古称纳仓德巴地处藏北高原腹地南部、冈底斯山和藏北第二大湖色林错之间，南以念青唐古拉山为界、与日喀则市相连，北与双湖县相望，东与班戈县接壤，西与尼玛县为邻。
申扎县是那曲市的一个纯牧业县，以饲养牦牛、绵羊、山羊为主。境内格仁错（湖）面积约700多平方公里。色林错（湖）面积1866平方公里，是藏北高原第二大咸水湖，也是申扎县与班戈县的界湖。
申扎县属南羌塘高原大湖盆地带，地势较缓，丘陵、高山与盆地相间，丘陵与山地的相对高差一般在300至500米之间，坡度较大，地表多为风化破裂碎石堆和岩屑坡。地质结构分为南部念青唐古拉山岩浆带和北部大湖拗陷带。地势南高北低，由海拔5900米以上的念青唐古拉山向海拔4530米的色林措湖倾斜，最高峰甲岗山突居中南部，海拔6448米，终年积雪。最低处为色林措湖面，与最高峰相差1900多米。