辅酶和辅基的主要区别在于与酶蛋白结合的紧密程度不同，非蛋白质部分与酶蛋白结合松散称为辅酶，非蛋白质部分与酶蛋白结合牢固的称为辅基。经透析或超滤方法可使辅酶与酶蛋白分离；而辅基与酶蛋白结合紧密，不能通过透析或超滤方法除去。
辅酶和辅基的差别
游离性不同。辅酶可以以不与酶结合的形式存在，并可结合成为多种酶的辅酶，它的游离特性在功能上保证了辅酶的运载能力。在酶促反应中，辅酶作为底物接受质子或基团后离开酶蛋白，参与另一酶促反应并将其所携带的质子或基团转移出去，或者相反。
辅酶介绍
辅酶是一大类有机辅助因子的总称，是酶催化氧化还原反应、基团转移和异构反应的必须因子。它们在酶催化反应中承担传递电子、原子或基团的功能。辅酶也可以被视为第二底物，因为在催化反应发生时，辅酶发生的化学变化与底物正好相反。