南京的博物馆有：南京博物院、侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆、南京市博物总馆、南京中国科举博物馆、雨花台烈士纪念馆、南京地质博物馆、江宁区博物馆、大报恩寺遗址博物馆、明孝陵博物馆、云锦博物馆、明城垣博物馆、孙中山纪念馆、求雨山文化名人纪念馆、抗日航空烈士纪念馆、江南丝绸文化博物馆。
南京博物院位于南京市玄武区中山东路321号，是中国三大博物馆之一，简称南院或南博，其前身是民国二十二年（1933年）蔡元培等倡建的国立中央博物院，是中国创建最早的博物馆、中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆。现为大型综合性的国家级博物馆、首批国家一级博物馆、首批中央地方共建国家级博物馆、国家AAAA级旅游景区、全国重点文物保护单位和中国20世纪建筑遗产。
（图为南京博物院）
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆位于南京市建邺区水西门大街418号，通称江东门纪念馆，选址于南京大屠杀江东门集体屠杀遗址及遇难者丛葬地，是中国首批国家一级博物馆，首批全国爱国主义教育示范基地，全国重点文物保护单位，首批国家级抗战纪念设施、遗址名录，也是国际公认的二战期间三大惨案纪念馆之一。
南京市博物总馆是国家一级博物馆，中国国家一级博物馆中唯一一家实行总、分馆制的博物馆，总馆成立于2014年，是融汇南京古代史、近现代史、革命史、城市史、考古、文保、民俗与非遗等诸多门类的综合性历史艺术类博物馆。截至2015年底，南京市博物总馆有馆藏文物10万余件（套），其中一级文物395件（套）。
南京市博物总馆下辖“七馆一所”，包括南京市博物馆（朝天宫）、太平天国历史博物馆（瞻园）、中国共产党代表团梅园新村纪念馆、南京市民俗博物馆（甘熙宅第）、渡江胜利纪念馆、江宁织造博物馆、六朝博物馆和南京市文化遗产保护研究所等八家市属文博馆所，本着整合历史文化资源、为社会及其发展服务的理念，成为南京公共文化服务体系的重要组成部分。
中国科举博物馆位于南京市秦淮区夫子庙学宫东侧，地处夫子庙秦淮风光带核心区，是中国科举制度中心、中国科举文化中心和中国科举文物收藏中心。已开放的部分场馆包括博物馆地下三层，地面上明远楼、至公堂、号舍、碑刻及南苑的魁光阁等，含11个展厅，是中国唯一一家地下式博物馆。
（图为雨花台烈士纪念馆）
雨花台烈士纪念馆位于南京市雨花台区雨花台烈士陵园南端的任家山上，是一座既有传统民族风格且具现代气息的优美建筑。纪念馆于1984年4月破土兴建，1987年1月5日通过验收，1988年7月1日正式对外开放，是著名建筑大师杨廷宝先生生前设计的最后一座建筑。
南京地质博物馆位于南京市玄武区珠江路，建于1935年，原名中央地质调查所地质矿产陈列馆，是中国历史最悠久的自然科学博物馆之一，也是中国第一个以地质矿产为主要内容的专业博物馆，其前身是1913年成立于的中央地质地质调查所矿产陈列室，是中国地质科学的发源地，也是培养中国地质工作者的摇篮。
江宁博物馆是国家三级博物馆，南京市成立最早的区级博物馆，成立于1958年5月6日，座落在江宁城区东山镇竹山公园秦淮河畔（江宁区竹山路88号）。江宁博物馆由千秋江宁、风流东晋、裴家同书画馆及一个临时展厅组成，馆藏文物达3000余件。
（图为大报恩寺遗址博物馆）
大报恩寺遗址博物馆位于南京城南中华门外古长干里，遗址得名于明代皇家寺院大报恩寺。该寺为明清时期中国佛教中心，为中世纪“世界七大奇迹”之一，被当时西方人视为代表中国的标志性建筑。三国孙吴时期此地建有佛教精舍和阿育王塔，是继洛阳白马寺之后中国第二座寺庙；也是中国南方首座佛教寺院建初寺所在地，为江南佛教发祥地。遗址长干塔地宫先后发现并清理出明代大报恩寺大殿、观音殿、法堂，以及始建于北宋大中祥符四年的长干寺真身塔地宫等重要遗迹。
明孝陵博物馆位于江苏省南京市玄武区钟山风景名胜区内，是关于明太祖朱元璋、世界文化遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆，新馆外观采用了明清时期江南地区的建筑风格，白墙、灰瓦、雕花木门、坡顶屋面、马头墙、花格窗等典型元素的运用，使得整体建筑与周边明孝陵遗存的大金门、四方城等文化遗址和草木葱郁的自然环境相协调，这也与600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不谋而合。
中国南京云锦博物馆位于江苏省南京市建邺区茶亭东街240号，是中国唯一的云锦专业博物馆、国家三级博物馆，主要展示以南京云锦为代表的中国民族织锦艺术，是“新金陵四十八景”之一。
中国南京云锦博物馆前身是创建于1984年的中国织锦工艺陈列馆，是中国首家集知识、观赏、娱乐为一体的织锦艺术博物馆，由江苏省南京云锦工艺研究生产试验中心主办，目的是为促进中国传统民族民间织锦的开发利用、技艺交流，接待国内外专业人士参观访问。