1、斜面低温保藏法：将菌种接种到适合的固体斜面培养基上，等到菌种充分生长过后，使用油纸将棉塞部分包扎好，然后转移至2-8℃的冰箱中进行保存。如果是霉菌、放线菌及有芽孢的细菌，一般可以保存2-4个月左右，需要移种一次。如果是酵母菌，一般可以保存2个月左右，需要每个月移种一次。
2、液体石蜡覆盖保藏法：将液体石蜡装在三角烧瓶中，并使用棉塞塞好，用牛皮纸进行包扎，然后在0.1MPa，121.3℃的环境下灭菌30分钟左右，接着将其放置在40℃的温箱之中，将水汽蒸发掉。将需要保藏的菌种，用适合的斜面培养基进行培养，得到健壮的孢子或者是菌体。使用灭菌过的吸管将液体石蜡吸出，注入斜面上，用量为高出斜面顶端1cm左右为宜。将试管直立，放置在低温或者是室温之下进行保存。霉菌、放线菌、芽孢细菌可以保藏2年以上不死，酵母菌可以保藏1-2年，一般无芽孢细菌可以保藏1年，脑膜炎球菌可以保藏3个月左右（37℃环境下）。
3、滤纸保藏法：准备好滤纸条（0.5×1.2cm），安瓿管（0.6×8cm），然后每个安瓿管放置1-2张滤纸条，塞上棉塞，在0.1MPa，121℃的环境下灭菌30分钟左右。将菌种在适合的斜面培养基上培养，得到健壮的菌体。在灭菌培养皿中滴加1-2ml的灭菌脱脂牛乳，并取数环菌苔在牛乳内混合均匀，制成浓悬液，然后使用镊子从安瓿管中取出滤纸条，浸入菌悬液中，吸饱后，放回安瓿管中，塞上棉塞。将安瓿管放入干燥器中（内有五氧化二磷作吸水剂），并用真空泵抽气至干。将棉花塞入管内，用火焰熔封，然后放置在低温环境下保存。