判断消毒灭菌是否彻底的主要依据是芽孢被完全消灭。芽孢又称内生孢子，是细菌休眠体，某些细菌在其生长发育后期，在细胞内形成的一个圆形或椭圆形，厚壁，含水量低，抗逆性强的休眠体构造，称为芽孢。
在不同细菌中，芽孢所处的位置不同，有的在中部，有的在偏端，有的在顶端，芽孢一般呈圆形、椭圆形、圆柱形，在有些细菌中，芽孢的直径小于菌体直径。
芽孢的结构相当复杂，最里面为核芯，含原生质体，被芽孢膜所包裹。核芯外面为皮层，成分为肽聚糖，再往外是一层或数层蛋白质组成的芽孢壳，最表面为芽孢壁，也称芽孢外壁。
由于芽孢在结构和化学成分上均有别于营养细胞，所以芽孢也就具有了许多不同于营养细胞的特性。