光学显微镜下能够看到的细胞器有：线粒体、叶绿体、液泡、核仁等大小超过0.2微米的结构。电子显微镜下能够看到的细胞器有：线粒体、叶绿体、高尔基体、内质网、中心体、溶酶体、液泡、核糖体、过氧化物酶体、微体、细菌质粒、线粒体，中心体，高尔基体，细胞壁上的纹孔等。
使用显微镜的注意事项：
1、必须熟练掌握并严格执行使用规程,按照严格的流程和说明书来操作显微镜。
2、取送显微镜时一定要一手握住弯臂，另一手托住底座。显微镜不能倾斜，以免目镜从镜筒上端滑出。取送显微镜时要轻拿轻放。
3、观察时，不能随便移动显微镜的位置。
4、凡是显微镜的光学部分，只能用特殊的擦镜头纸擦拭，不能乱用他物擦拭，更不能用手指触摸透镜，以免汗液玷污透镜。
5、保持显微镜的干燥、清洁，避免灰尘、水及化学试剂的玷污。
6、转换物镜镜头时，不要搬动物镜镜头，只能转动转换器。
7、切勿随意转动调焦手轮。使用微动调焦旋钮时，用力要轻，转动要慢，转不动时不要硬转。
8、不得任意拆卸显微镜上的零件，严禁随意拆卸物镜镜头，以免损伤转换器螺口，或螺口松动后使低高倍物镜转换时不齐焦。
9、使用高倍物镜时，勿用粗动调焦手轮调节焦距，以免移动距离过大，损伤物镜和玻片。
10、用毕送还前，必须检查物镜镜头上是否沾有水或试剂，如有则要擦拭干净，并且要把载物台擦拭干净，然后将显微镜放人箱内，并注意锁箱。