上海海事大学有航海技术、轮机工程、航运管理、物流管理、热能与动力工程、交通运输、交通工程、管理科学、工商管理、国际经济与贸易、会计学、电气工程及其自动化、机械电子工程、物流工程、自动化、电气工程与智能控制等王牌专业。
国家级特色专业：物流管理、航海技术、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理。
学科建设：国家重点（培育）学科：交通运输规划与管理（隶属交通运输学院）。
交通部重点学科：产业经济学、交通运输规划与管理。
上海市重点学科：载运工具运用工程、交通运输规划与管理、物流管理与工程、港口机械电子工程、国际法学（海商法）。
本科专业交通运输物流管理交通工程航运管理航运管理+英语法学（海商法）经济学（海运与物流经济）国际经济与贸易金融学（海运金融）会计学会计学（国际会计）会计学（ACCA课程班）财务管理工商管理旅游管理电子商务管理科学机械设计制造及其自动化机械电子工程（港口机械）工业工程物流工程电气工程及其自动化自动化测控技术与仪器机械电子工程（中荷）电气工程与智能控制（中荷）计算机科学与技术信息管理与信息系统网络工程电子信息工程通信工程环境工程安全工程港口航道与海岸工程船舶与海洋工程材料科学与工程英语英语（翻译）英语（国际商务）日语信息与计算科学数学与应用数学行政管理工业设计艺术设计绘画