1、増施基肥：在冬季，木瓜树的基肥施入则是首要做好的管理工作。如果想要种植出现安全、绿色的有机果实的话，那么在土壤封冻前，要每株施入充足的有机肥，帮助木瓜树安全越冬。通常在9月下旬的时候，将木瓜园土壤深翻，结合施入基肥。基肥以厩肥、农家肥为主，配合适量的速效化肥等。根据树龄控制好施用量，如果是幼树的话，那么每株施入20-25kg左右，如果是成年大树的话，那么则要施入40kg左右。
2、控制秋梢：在秋季的时候，新梢的生长会进入高峰期，从而形成秋梢。秋梢如果旺长的话，那么会导致木瓜树营养消耗过多，树势下降，导致木瓜树休眠受到影响。所以在10-11月的时候，要在木瓜树树干光滑的地方进行环割，环割到木质部，然后使用促花王等药剂涂抹环割处。如果生长较旺的话，那么大约半个月左右便要使用一次，树势弱的话一个月一次即可。适当涂抹促花控制秋梢能够提高木瓜树的休眠质量，避免出现大小年现象，保证木瓜树安全越冬。
3、清园工作：在木瓜树秋季采收之后，清园工作也是非常重要的。应在木瓜树落叶之后进行，剪除老枯枝，和落叶、杂草集中带出果园做烧毁处理。然后还要清理主干上的翘皮、老皮等，对树喷洒石硫合剂、护树将军等药剂进行消毒，消灭潜伏在树上越冬的病菌害虫。然后树干还应用涂白剂进行涂白，起到防冻保温的作用。最后对于树皮、树缝中的虫卵都要仔细检查并且消灭，最大程度的消灭病虫侵染源。