1、石菖蒲可用于治疗痰蒙心窍所致的神志不清等症，通常和远志，茯苓等药物一起使用，石菖蒲和远志都可以祛痰清窍，茯苓有利尿去湿痰的作用，合用可以增强疗效。
2、石菖蒲还可用于体内湿邪内困所致的胸腹部胀痛，腰酸背痛，头痛，思睡等症状，尤其在夏秋季多见。有化湿行气的作用，通常和藿香一同使用，藿香有化湿解暑的作用。合用可以增强疗效。
3、石菖蒲还可用于痢疾严重的时候，不能进食者， 石菖蒲能够促进胃液的分泌，减少肠道内的细菌发酵。通常和人参，茯苓等药一同使用。人参可以补气健脾，茯苓可以健脾利尿补中，合用后能够让病人开胃进食。
4、石菖蒲还可用于治疗真菌引起的各种感染，因为石菖蒲对皮肤真菌有一定的抑制作用， 我们可以用1份的石菖蒲和3份的水泡成石菖蒲水浸剂，外用擦洗皮肤真菌感染部位。