品牌所属情况上的区别。通常旗舰店是以自家本来就有的品牌来入驻商城的;但专营店指的是在大类商品下的品牌经营，同时又囊括了自营和别的品牌可以共同经营的特点。从经营范围上来看，旗舰店是同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，而专营店却没有明确规定。
旗舰店和专营店有什么区别
从商标要求情况而言，旗舰店所要求的服务商标是商家自营品牌授权的，并且具有排他性，不允许品牌再经营不属于自营品牌以外的品牌的;而专营店可以同时出具不同的品牌店铺商标，对经营品牌的限制不大。
从定义上来看，旗舰店是商家已企业自有品牌入驻商城，而所开设的店铺称之为该品牌的“官方旗舰店”;而专营店是指企业在商城同一级类目下经营多个品牌，这类店铺则称之为“专营店”。
在经营主体上，旗舰店是自有品牌企业，也就是品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有;但专营店是在中国大陆所注册的企业法人。