品牌资质上的区别。旗舰店是由国家商标总局所颁发的商标注册证或者商标受理通知书，就是说要注册商标。而专卖店是由品牌所有者所出具的国家商标总局颁发的商标注册证，申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书，且授权书需无地域限制。
专卖店和旗舰店有什么区别
属性上的区别。旗舰店必须是要求自身的品牌，通常情况下都是厂家自己在卖;但是专卖店就只能卖一家的产品，也就是说这家店只可以卖同一个品牌。
定义上的区别。旗舰店是商家已企业自有品牌入驻淘宝商场，所开设的店铺应该称之为该品牌的“官方旗舰店”;而专卖店是企业持正规品牌授权书，在商城开设该品牌的店铺称之为“品牌专卖店”。
要求上的区别。旗舰店是品牌拥有人或者公司自己开的商城店;但专卖店却是品牌拥有人或公司授权开店，相当于分销商或者一级经销商。