1、释义不同：
祝贺一词在《辞海》中的解释为：庆贺，如：祝贺两国建交回。
恭喜一词在《辞答海》中的解释为：套语，恭贺别人或团体的喜事。
2、正式程度不同：
在《辞海》中，恭喜一词的解释为：套语，恭贺别人或团体的喜事。如，恭喜你考上了大学！
而祝贺则解释为“庆贺”，如，祝贺两国建交。
由意思可以看出，恭喜是应酬语，更具有口语色彩，而祝贺是正式用语。
3、词性不同：
恭喜除了可以作动词外，还可作名词，表示可喜可贺之事，而祝贺不能作名词。
恭喜作为名词，指的是可喜可贺之事。如，
《儒林外史》第五回：“这倒是他的意思，说姐姐留下来的一点东西，送与二位老舅添着做恭喜的盘费。”这里“恭喜”指科举中式。
鲁迅《彷徨·孤独者》：“魏大人恭喜之后，我把正屋租给他了。”这里“恭喜”指任职。
4、适用对象不同：
恭喜多用于人，如：恭喜,恭喜,你高升了。
祝贺多用于公司、个人，如：祝贺公司完成了这个项目。祝贺你取得了好成绩。