1、二者侵害的客体不同。前者侵害的是公共秩序，所谓公共秩序，包括公共场所秩序和生活中人们应遵守的共同准则，而后者侵害的是他人的人身权利。
2、二者行为的起因不同。前者的起因或者说起意，有的是为了争夺称霸的势力范围，有的是无理、无故惹是生非寻求精神刺激或为满足不健康的心理而引发，而后者，一般是因纠纷而引起，大都是一人一事。
3、寻衅滋事：一般是指在公共场所无事生非、起哄捣乱、无理取闹、殴打伤害无辜、肆意挑衅、横行霸道、破坏公共秩序的行为。对寻衅滋事行为视情节轻重，依法追究其相应的治安、劳动教养或刑事责任。
4、殴打他人：是指造成人体的疼痛，一般并不伤及人体的健康。殴打他人并造成伤害的，视其伤害的程度(轻微伤、轻伤以上的)依法追究其相应的治安或刑事责任。