1、加强检疫措施，严禁从疫区调运带虫的果实、种子和带土苗木到无柑橘大实蝇的柑橘产区，防止虫害蔓延。
2、摘除受害果，拾捡落果。在9～11月份巡视果园，发现有受害症状的果实应及时摘除或在落果期间每天捡拾落果，集中烧毁或深埋，将幼虫杀死在入土之前。被害果易随渠水或河水带到下游，也须重视。
3、在6～7月份成虫产卵前诱杀，用90%敌百虫1000倍液或20%灭扫利乳油2000倍液加3%红糖，全园喷布1/3植株，每株喷1/3树冠，4～5天1次，连续3～4次。也可用砂糖2份，黄酒、醋和甜橙汁各1份，水10份混合后盛于瓦罐中，罐口上方3厘米处设防雨盖，在柑橘园行间每隔10～20米挂1只，高度60厘米左右，隔半个月换诱液1次，可诱杀大量成虫。还可在6～11月份用75%酒精15份、90%晶体敌百虫1份和性诱剂3份，混合制成诱芯，设置诱捕器，每公顷挂2只。
4、冬季翻耕果园土壤，可以破坏蛹的适生环境或使其受到机械损伤而死亡。
5、柑橘大实蝇发生前，有条件的地方进行果实套袋。