墨脱县城区的海拔在200米~7787米之间，平均海拔为1200米。隶属于西藏自治区林芝市，位于西藏东南部，雅鲁藏布江下游，喜马拉雅山东段与岗日嘎布山脉南坡，东临察隅县，西靠米林、隆子、错那多县，北接波密县与巴宜区，南部与印度交界，总面积达31394.67平方公里。
墨脱县地势呈南高北低分布，整体过渡形态似莲花，藏语中的墨脱意为莲花，故而得名。该县是雅鲁藏布江进入印度阿萨姆平原前流经中国境内的最后一个县，雅鲁藏布大峡谷主体段便位于该县境内，也是西藏高原海拔最低、最温和、最湿润、生态环境保护最完好的地区。