1、粪肥的腐熟目前有三种常用的方法：
（1）结合高温闷棚进行粪肥腐熟。夏季棚室休闲期长，可结合高温闷棚进行粪肥腐熟，腐熟发酵的过程也是改良土壤的过程。在发酵腐熟过程中，土壤中的微生物非常活跃，能够促进土壤团粒结构的形成。
（2）棚外堆闷。有足够的时间可以自然堆沤发酵，而时间较短时可以在堆闷腐熟时使用生物腐熟剂。
（3）使用菌剂快速发酵。常用的有ETS菌群等，能缩短发酵腐熟时间。
2、根据不同土质选择不同粪肥：有些大棚土壤沙性大，漏水漏肥的情况严重，因此粪肥应选择纯鸡粪或纯猪粪，这种粪肥纯度较高，养分含量也高，因为粪质比较黏重，对漏肥漏水的沙土地有良好的改良作用。
3、黏性土应施用有机质含量高而矿质元素含量少的粪肥，如羊粪、牛粪，或者是含有沙子、稻壳、秸秆的鸡粪、猪粪等，能够改善黏性土壤的物理性状，提高其透水透气能力。这样的粪肥也非常适合改良土壤盐渍化板结较为严重的棚室土壤。
4、粪肥使用后要深翻：大量的粪肥集中在地表10~15厘米的土壤当中，虽然与土壤进行了混合，但粪肥仍然比较集中，即使已经腐熟的粪肥，在用量如此之大、翻耕深度较浅的情况下，也会影响根系生长。所以施用粪肥以后应进行深翻，一般翻耕深度要超过30厘米。
5、注意配合使用：粪肥中虽然含有的养分全面，但是总量达不到作物的吸收利用量，所以粪肥与化学肥料配合使用可以降低化学肥料残留对土壤造成的影响，同时保证化学肥料中的养分能够及时被作物吸收利用。
6、粪肥与生物菌肥配合使用可以加快粪肥的分解，加快土壤改良的速率。粪肥中的物质可促进生物菌的繁殖，巩固有益菌对根系产生的保护和促生效果。