以国务院批准实施《长江三角洲地区区域规划》为契机，大力开展科技创新、技术服务、人才培养和高新技术产业化工作，为更好地发挥清华大学服务社会职能，推动长三角地区经济社会发展方式转变，实现科学发展、和谐发展、率先发展作出积极贡献。中心将秉承清华大学“行胜于言”的校风，立足浙江，服务于长三角、珠三角等中国经济发展中心，通过专业的服务与客户共同成长，为中国人才培养和经济发展做出贡献。面向国际竞争，面向浙江与长三角地区经济社会发展需求，在先进制造、信息技术、生物医药、生态环境保护、海洋资源开发等领域，设立重点实验室、工程研究中心和博士后流动站，建立国际技术转移中心和继续教育基地。
浙江清华长三角研究院是由浙江省人民政府与清华大学本着优势互补、共同发展的精神联合组建的研究机构，为实行企业化管理的事业单位。办院宗旨是以清华大学科技、人才为依托，立足浙江，面向长三角地区经济社会发展需求。