南京林业大学汽车与交通工程学院具有悠久的办学历史，可追溯到1952年开设森林采运工程专业和1960年开设林业机械（汽车与拖拉机）运用与修理专业，是我国最早培养从事林区运输系统规划设计、道路网规划设计和林业车辆运用工程的高级专门人才的摇篮。
上世纪80年代中期，开始向车辆设计、汽车运用工程、公路和城市道路交通系统规划设计领域拓展，是华东地区成立较早的汽车与交通工程相关专业教育基地之一，是江苏省汽车工程学会和南京汽车维修行业协会常务理事单位、南京交通学会副理事长单位。
汽车与交通工程学院设有交通运输（汽车运用工程方向、物流技术方向、汽车电子与道路信息工程方向）、交通工程、车辆工程3个本科专业，其中交通工程专业为江苏省特色专业，交通运输（汽车运用工程方向）为江苏省特色自考专业。拥有交通运输工程一级学科硕士点（下设：载运工具运用工程、交通运输规划与管理、交通信息工程及控制3个二级学科），2个工程硕士领域授权点（交通运输工程、物流工程），在林业工程、机械设计及理论博士学位授权点设有相关研究方向。目前全院在读本科生和研究生1100余人。
学院现有在岗教职工41人，其中教授4人、副教授12人、博导2人、硕导10人，专职教师全部具有硕士以上学位。有江苏省“333工程”中青年科学技术带头人1人、“青蓝工程”中青年骨干教师3人，外聘国内外兼职教授多人。