一、考试形式不同
专本贯通：
专本贯通和专升本在考试形式上也有所区别，专本贯通是考生通过高职分类考试进入专科院校，然后再通过转段考试进入对应的本科院校，其中转段考核需要通过试点高职专科院校过程考核和试点本科高校综合测试。
专升本：
普通高校“专升本”考试按文、理科两个大类组织考试。专升本是考生需要报名参加每年4月中旬重庆普通高校专升本考试（全市统一考试），通过大学语文（文）、高等数学（理）、大学英语和计算机基础等科目考试，达到当年重庆市最低控制线后再进行志愿填报。
二、学校数量不同
专本贯通：
根据重庆市教育委员会公布的2021年专本贯通院校名单，有6所本科院校和6所专科院校，如表：
专升本：
与专本贯通不同，专升本选择面更大。专本贯通只涉及6所专科学校和6所本科学校，而原则上，所有专科学校都可以专升本，本科院校选择也更多，如重庆医科大学、重庆交通大学、重庆工商大学等。
值得注意的是：参加专本贯通的同学以后仍可以选择专升本，多一个选择机会；但如果错过专本贯通，以后就只能选择专升本。
三、招生对象不同
专本贯通：
专本贯通面向2021年普通高考报名时选择普通文理类并报有高职分类考试的考生招生。其中考生需要达到重庆市专本贯通批最低控制线。
专升本：
专升本的招生对象为在校在读的有高职（专科）正式学籍2021届（2015级）高职毕业班学生，或为专科院校重庆籍大专毕业入伍，2021年退役，并在本市民政部门备案的退役士兵。
四、专业限制性不同
专本贯通：
专本贯通和专升本之间的区别还体现在专业层面，从6所专本贯通专科院校公布的招生计划来看，专本贯通专业有明确的限制，且必须是相对应的本科院校专业。主要是将同一专业技术领域的专科培养方案和本科培养方案课程教学和实训内容贯通整合，并明确专科和本科阶段教育培养内容。
专升本：
而专升本则在专业报考上没有明确的限制，文、理科按考生就读高职（专科）专业当年招收时规定的科类性质确定，由推荐院校明确专业。文、理科兼收的专业由推荐学校确定考试科类，且同校同专业同方向学生，其考试科类应相同。准确来说就是根据本科院校所公布的本专科专业对照表进行报考，虽然在招生录取上会根据专科所学专业作为参考，但和专本贯通相比，所选择的层面更加广泛，只要专科所学专业与本科拟定招生专业相接近都可以填报。