1、阴凉处保存。羊肚菌由于其菌盖表面凹凸不平，状似羊肚，故而得名。羊肚菌一般生长在树林中，其中含有大量的水分及碳水化合物，很容易滋生细菌而腐烂，保存时间极短，如果羊肚菌的量不是很多的话，可以将它摊放在阴凉干燥处保存，注意避免潮湿，避免阳光直射，温度也不宜过高，一般可以保存1-2天左右。
2、冰箱保存。冰箱中的温度比较低，可以很好地抑制细菌的繁殖和滋生，将羊肚菌放入冰箱保存，可在一定程度上延长其保存时间，但是冰箱冷藏层中水汽比较足，将羊肚菌放入冰箱保存之前要将表面的水分擦干，然后用保鲜袋装好再置于冰箱中，一般可以保存2-3天左右。