1、冲调含有益生菌的奶粉或制剂，要注意使用温开水，温度约在35～40℃之间，冲泡好的益生菌制剂要及时服用，以免益生菌死亡失效。
2、益生菌不能与抗生素同服。抗菌素尤其是广谱抗菌素不能识别有害菌和有益菌，所以它杀死敌人的时候往往把有益菌也杀死了。这时候或者过后补点益生菌，都会对维持肠道菌群的平衡起到很好的作用。如果必须服用抗生素，服用益生菌与抗生素间隔的时间不应短于2～3小时。
3、喝益生菌后，若发生腹部不舒服或腹痛、恶心、呕吐，应立即停止饮用。
4、益生菌的食物有纤维、乳糖、淀粉、寡糖，益生菌的发酵产物等成分；所以在补充益生菌的同时，应多吃根茎类蔬菜、水果及海藻等食品，就等于在肠子里布置一个它们喜欢生长的环境。多数的益生菌并不喜欢肉类和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有过多的糖分也会降低菌种的活性。
5、如果没有消化不良、腹胀、腹泻或存在其他破坏肠内菌群平衡的因素，不提倡额外摄入过多的益生菌制剂。