1、认证对象不同：知识产权贯标认证的对象是企业的知识产权，包括专利、商标、软著等，是无形产品，ISO认证的对象是企业的产品，是有形产品。
2、所依据的标准不同：知识产权贯标依据的是GB/T29490-2013《企业知识产权管理规范》，该标准属于国家标准，获得国家认监委认可;ISO认证依据的是ISO标准族，包括ISO9000、ISO14000等，上述标准由国际标准化组织制定，获得中国质检总局和国家认监委认可，是代表企业与国际接轨的一个先进标志。
3、认证的目的不一样：知识产权贯标的目的是保护企业知识产权，防范在日常经营中的知识产权风险;ISO认证的目的是提高和保证产品质量，使企业获得更大的经济效益，增强竞争力。ISO认证和知识产权贯标认证，这两者是可以共同存在的，对提升企业的资质、提高企业竞争力都是非常有利的。