1、生态环境不同。当归需要高海拔，高寒阴湿的环境，产区生态气候恶劣，灾害频发；川芎喜气候温和、雨量充沛、日照充足而又较湿润的环境。需要水肥沃的稻田，产区气候稳定，灾情较少。
2、功效不同。川芎：辛温香燥，走而不守，既能行散，活血祛瘀作用广泛，适宜瘀血阻滞各种病症；祛风止痛，效用甚佳，可治头风头痛、风湿痹痛等症，为“血中之气药”，性善走散，是气血病的首选药。川芎主治一切风、一切气、一切血，破宿血，养新血。甘辛温，主血虚诸证，为”气中之血药“既能疏肝理气，又能调经止痛，润肠通便。当归也主治一切风、一切血，破恶血，养新血；莪术活血化瘀。
3、味道不同。川芎也是行气活血的药物，辛苦温，和当归很相似，只是当归尝着有明显的甜味，川芎基本没什么甜味，说明川芎比当归要燥烈一些，所以川芎能上头部，是治疗头痛的重要药物。