1、科属区别。美丽异木棉：美丽异木棉为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、锦葵目、锦葵亚目、木棉科、吉贝属落叶乔木植物。木棉：木棉为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、锦葵目、锦葵亚目、木棉科、木棉属落叶大乔木植物。
2、形态区别。美丽异木棉：美丽异木棉高12～18米，树干挺拔，树皮绿色或绿褐色，具圆锥状尖刺，成年树下部膨大呈酒瓶状。叶互生，掌状复叶，倒卵状长椭圆形或椭圆形。花大，1～3朵腋生或数朵聚生枝端。蒴果纺锤形，内有棉毛，种子多数近球形，花期10～12月，果5月成熟。木棉：木棉树高可达25米，树皮灰白色，幼树的树干通常有圆锥状的粗刺，分枝平展。掌状复叶，小叶长圆形至长圆状披针形，两面均无毛。花单生枝顶叶腋，通常红色，有时橙红色。蒴果长圆形，种子多数。花期3～4月，果夏季成熟。
3、习性区别。美丽异木棉：美丽异木棉性喜光而稍耐阴，喜高温多湿气候，略耐旱瘠，忌积水，对土质要求不苛，但以土层疏松、排水良好的沙壤土或冲击土为佳，抗风、速生、萌芽力强，栽植约6年左右便可开花。木棉：木棉喜温暖干燥和阳光充足环境，不耐寒，稍耐湿，忌积水，耐旱，抗污染、抗风力强，深根性，速生，萌芽力强，生长适温20～30℃，冬季温度不低于5℃，以深厚、肥沃、排水良好的中性或微酸性砂质土壤为宜。