1、地理位置不同，珠海站位于中国广东省珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号，明珠站位于中国广东省珠海市明珠北路。站台规模不同，珠海站站场规模为5台8线，明珠站的站场规模为2台2线。
2、途经线路不同，珠海站途经线路为广珠城际铁路和珠机城际铁路，明珠站途经线路为广珠城际铁路。
3、珠海站，为广珠城际铁路、珠机城际铁路的起止站点，是珠海重要的客运枢纽站。明珠站，为广珠城际铁路的中间站。
4、珠海站始建于2009年，于2020年8月19日珠机城际铁路珠海站完工，明珠站于2009年始建，于2012年12月31日正式开通运营。