1、安全模式或者DOS模式下清理病毒，大部分比较简单的电脑病毒是可以在正常模式下就可以清除的，但部分更加狡猾、更加隐匿的电脑病毒就需要在安全模式或者DOS模式下进行清理。比如目前比较流行的病毒，蠕虫病毒、木马程序和网页代码病毒等可以在安全模式下彻底删除。而像对于一些引导区病毒和感染可执行文件的病毒才需要在纯DOS下杀毒。
2、邮件中的带毒文件，大部分防毒软件是可以检查出邮件中带毒的文件，而对于邮箱中带毒的信件，是可以根据用户的设置来删除带毒邮件的。但需要注意：如果杀毒后邮箱仍然可以检测到病毒情况，这是因为没有压缩邮箱进行空间释放的原因导致的，用户可以通过步骤OutlookExpress中选择“工具”—〉“选项”—〉“维护”—〉“立即清除”—〉“压缩”，删除所有脱机内容解决。
3、Restore目录中的带毒文件，这是系统还原存放还原文件的目录，只有在装了WindowsMe/XP/VISTA操作系统上才会有这个目录，由于系统对这个目录有保护作用。对于这种情况需要先取消“系统还原”功能，然后将带毒文件删除，甚至将整个目录删除也是可以的。
4、文件中存在的病毒残留，像是带有CIH、Funlove、宏病毒(包括Word、Excel、Powerpoint和Wordpro等文档中的宏病毒)和个别网页病毒的残留代码其实并不常见，而且这些病毒残留也不会影响到运行的正常运行，也不会传染。但如果用户打算彻底删除，那么就需要根据各个病毒的实际情况进行清除。
5、共享目录杀毒，一般来说，共享目录中带毒文件是无法清除的，表现症状为“对共享目录进行清除病毒操作后，还是不断有文件被感染或者不断生成新病毒文件”。在这里小编建议先取消共享，然后针对共享目录进行彻底查杀，恢复共享的时候，注意不要开放太高的权限，并对共享目录加设密码。