莫高窟坐落于河西走廊的西部尽头的敦煌。莫高窟现有洞窟735个，保存壁画4.5万多平方米，彩塑2400余尊，唐宋木构窟檐5座，是中国石窟艺术发展演变的一个缩影，在石窟艺术中享有崇高的历史地位。
敦煌位于甘肃省的西部，从自然地理的位置上说，正处在河西走廊的西部尽头处。这里南接青海，西连新疆，自汉代以来一直就是中西交通的枢纽。
公元前111年，汉武帝为抵御匈奴，设敦煌郡作为边防哨所。自汉武帝开通丝绸之路后，作为西陲重镇的敦煌，成为沟通中原和西域的交通枢纽、丝绸之路沿线的商业中心，以及各种民族与文化交汇的场域。其中，佛教文化和艺术在内的中西文明在这里交汇、碰撞，这是敦煌石窟艺术产生的历史根源。
莫高窟开凿兴建的年代，不同的文献资料记载稍有出入。目前多数学者所同意的观点是前秦建元二年(366)乐僔和尚在莫高窟创凿洞窟，法良禅师接续建造。到北凉时期，此地已形成了小型僧侣社区。这些洞窟最初只是作为隐士僧侣的冥想修行之所，但后来发展为服务于附近兴起的寺院。
此后，北魏宗室东阳王元太荣(本名元荣)，北周贵族建平公于义先后出任瓜州(敦煌)刺史，受崇佛造像风习的影响，莫高窟开始发展。隋和唐前期，敦煌成为丝绸之路的主要商业枢纽和重要的宗教中心，莫高窟也进入鼎盛时期，成为各方的朝圣之地。这一时期，莫高窟建造了大量的洞窟，其中包括两个大像龛。作为冥想的辅助，作为向不识字的人宣传佛教信仰和故事的教学工具等，这些洞窟空间及内部壁画与造像被精心营造。主要的洞窟通常由佛教僧侣、地方统治精英以及中原帝王等赞助人赞助，其他洞窟则由商旅、军官和当地的人(如妇女团体)资助。
安史之乱后，建中二年(781)吐蕃占沙州(敦煌)，在吐蕃赞普保护下，莫高窟得以继续发展。大中二年(848)张议潮率兵起义，收复河西十一州失地，奏表归唐。在张氏归义军政权统治的晚唐时期，张氏家属及其显贵姻亲在此继续修建。
乾化四年(914)曹议金取代张氏执掌归义军政权，曹氏家族统治瓜(安西)沙(敦煌)120多年，新建洞窟，还全面重绘重修前代洞窟和窟檐，在崖面上大面积绘制露天壁画，使莫高窟外观蔚为壮观。
北宋景祐三年(1036)和南宋宝庆三年(1227)此地先后为西夏、蒙古政权统治，尽管仍有兴造修葺，但伴随丝绸之路失去重要作用和敦煌经济萧条，莫高窟已趋衰落。元以后停止开窟。
概括而言，莫高窟兴于十六国时期，历经北魏、隋、唐、宋、西夏而讫元代。
九层楼
第96窟窟外木构建筑之俗称。唐代称北大像。俗称大佛殿。代表窟之一。敦煌石窟之第一大窟，建于初唐。洞窟直通崖顶，高40米，窟外有九层木构建筑，高45米。窟内徒壁无画，依崖塑敦煌石窟中最大塑像(高33米)的弥勒佛像。高度仅次于四川乐山石刻大佛(71米)和四川荣县石刻大佛(36米余)。在泥塑造像中，其高度则为全国之冠。
三层楼
一名吴僧统窟，晚唐称吴和尚窟。代表窟之一。建于大中五年至咸通八年(851—867)之间。窟主吴和尚即晚唐河西都僧统洪䛒。覆斗顶中心佛坛型窟。位于莫高窟南区北段底层。其上为第365窟(七佛堂)，顶层为第366窟，三窟窟前倚崖统建三层木构窟檐，即三层楼。
此上下三层洞窟似为吴和尚独力开凿的系列窟。主室为莫高窟面积最大之洞窟。室内马蹄形中心佛坛上，存清代改修之宋塑九身，坛西沿背屏直接窟顶，绘唐及宋画。四壁壁画为重层，表层为西夏时所绘绿底千佛，色调单一，形象如出一模，缺乏生气。1981年敦煌文物研究所整修此窟壁画时，曾发现底层晚唐壁画，该画色彩鲜丽如新，线条清晰，似为某种经变净土说法图中的水榭雕栏，以此可窥未变色的晚唐画之一斑。
窟顶为西夏浮塑贴金的团凤四龙藻井，四披为贴金棋格团花图案。甬道两壁绘西夏说法图及供养菩萨，南壁中部嵌清代《重修千佛洞三层楼功德碑记》木碑一方，北壁中部为藏经洞窟门。前室无画。洞窟编号第16～17号，16窟建于唐大中五年至咸通(851～867)间。窟前倚崖统建三层木构窟檐，故俗称“三层楼”，为清光绪三十二年(1906年)王道士主持修建，王道士于16窟甬道北侧发现藏经洞，后编号为第17窟。因此三层楼也是为数不多的窟中窟。
藏经洞
莫高窟第17窟，即藏经洞，亦称“鸣沙石室”“敦煌石室”，位于第16窟甬道北壁，建于唐大中五年至咸通三年(851—862)间，原为晚唐河西释门都僧统洪䛒的禅窟，洪䛒逝世后，其下属僧徒或吴姓本家改禅窟为影堂。此窟平面近于方形，覆斗形顶，地面至窟顶高3米，北壁前建长方形禅床式低坛，坛上端坐一身泥塑坐像，为洪䛒高僧像。北壁画二菩提树，枝叶相接，以示洪䛒在菩提树下坐禅。菩提树东侧画一比丘尼，双手捧持对凤团扇;西侧画一近事女，一手持巾，一手执杖。西壁嵌有大中五年洪䛒告身碑一通。窟内因发现数以万计从公元4世纪到11世纪的古代佛经写本、社会文书、绢画、刺绣、法器等文物，故而俗称“藏经洞”。