秦琼在凌烟阁二十四功臣居然排在最末一名，远在他手下败将尉迟恭和昔日同僚程咬金之后，按理说，以他的功劳，不进入三甲，也不会低于尉迟恭与程咬金。那么唯一的可能就是，他们有掺和玄武门事变，而凌烟阁二十四功臣，基本是按照在玄武门的表现来排座次的。
这么一说，秦琼没有在凌烟阁排名靠前，倒是一种荣耀，因为这证明秦琼是个顾大局、识大体的好汉子。
说起来，秦琼跟李渊可谓感情深厚，这一点从李渊对他近乎肉麻的信中就可以看出来。在秦琼三败尉迟恭、打垮宋金刚之后，李渊专门送给他一个金瓶子让他装酒用，这是包括李世民在内都没有的待遇。
而那封信不像皇帝给臣子的诏书，简直就是亲兄弟之间掏心窝子：我的肉都可以割下来给你食用，何况这点子女玉帛。;另外还赏赐黄金百斤、杂彩六千段，封上柱国。 秦琼做先锋打败王世充后，秦琼就被封为翼国公（第一等公爵，与郡王同为从一品），又赏赐黄金百斤、帛七千段。 打败窦建德的继承者刘黑闼后，又得到了数不清的赏赐。
这里要说两句话：第一，这都是李渊封的，而当时尉迟恭和程咬金连个侯爵伯爵子爵都不是；第二，上柱国等于特级战斗英雄，尉迟恭和程咬金到死也没混上这个称号。可以说，秦琼在李渊执政的时候就已经荣耀至极，无可再封了。
至于秦琼到底参没参加玄武门事变，小编可以肯定没有，因为这是李渊的家事，以秦琼的性格是不会介入的。如果他真的介入了，作为当时偶像级人物，李世民一定会大书特书秦琼支持我;的，而所有的正史（包括李世民让写的）记载，都不见秦琼参与的片言只字，而是罗列了李世民率尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九将，如果秦琼在内，这个李世民阵营中唯一的国公（别的国公都是后来李世民封的），怎么能不大书特书？
就连玄武门之前的预谋，秦琼也没有参与，跑来跑去搞串联的是尉迟恭、程咬金，连房玄龄杜如晦都不想出头，是李世民告诉尉迟恭：他们不参与就宰了他们！这俩人才上了船。
而且玄武门之变在道义上也做得不那么漂亮，虽然李世民主导的史书进行了大量掩饰，但细节还是暴露了问题：按照李世民的说法，当天应该是李渊召集太子李建成、秦王李世民、齐王李元吉一同进宫对质，但是宫门外从早上打到中午，打得热火朝天，羽箭甚至射到了皇宫内院，而李渊被发现;的时候，居然在湖里划船。这里就有两个疑点：李渊不是要开会吗？怎么划船去了？再有，当时几千人马鏖战，喊杀声震天，李渊聋了？
更可疑的是尉迟恭去保护;李渊的时候，居然是擐甲持矛;，李渊见了大惊;。这里问题又来了：当时皇宫没有警卫？尉迟恭怎么进去的？按照规矩，臣子见君主，是要卸甲弃兵的，带把匕首都算谋反，尉迟恭为什么要手持长枪去见皇上？保护;是假，不听话就杀倒是真的。
而按照李渊与秦琼的关系，秦琼绝对不允许（至少是不愿意看到）这样的事情发生，会不会出手阻止都很难说。
玄武门之变，李世民登基，一下子冒出来一大堆国公，尉迟恭、程咬金都火箭上升，而早就是国公的秦琼并没有加官进爵（再升就成郡王亲王了），居然只跟程咬金一样实封七百户，就说明秦琼根本就没参与宫廷内乱这种破事儿。
估计李世民也觉得自己的事情做得不漂亮，为了弥补对秦琼的亏欠，将秦琼的父亲追封一千户食邑，加上秦琼的七百户，不比其他人少了。
补充说两个事：秦琼的并非父亲早亡，秦琼跟着张须陀打瓦岗军的时候，他父亲还活着呢（隐居），他母亲倒是在秦琼还是在隋朝名将铁枪来护儿手下当小军官的时候就去世了，来护儿还破格吊唁；第二件事是秦琼跟尉迟恭两家关系不错，还做了亲家（孙子娶了尉迟恭孙女，就是那个尉迟宝琳的女儿）。