1、原料不同。制作馒头和包子使用的面粉都是中筋面粉，但是在和面时需要加入的原材料有略微的区别，包子一般只需要加入酵母粉和清水即可发面，因为包子中有其他的馅料，所以面团的味道保持原味即可。馒头在揉面时需要加入白糖、蜂蜜、鸡蛋或者牛奶等，这样能提升馒头的香味和甜味。
2、发面方式不同。一般面粉发酵分为一次发酵和二次发酵，制作馒头大多数采用的是二次发酵的方式，先将面粉揉成团后醒发3个小时左右，待面团体积膨胀后再加入一些面粉揉成面团，并且将面团做成馒头的形状后继续发酵1-3个小时即可。二次发酵的面团使用成本较低，面团发酵的时间更充分。包子一般采用的是一次发酵，将面团发酵后做成包子，直接放在锅中蒸熟即可，包子对面团的口感要求没有那么高，所以采用更快捷的方式发面。
3、面团质地不同。馒头发酵时需要多加入一些水，保证面团的湿度较大，这样揉出来的面团更加光滑细腻，在发面是也能更好的提升发酵效率。包子的发酵需要保持面团一定的硬度，因为用面团包裹馅料时能保证面团不变形，这样做出来的包子又好看又好吃。