1、形态特征不同。肉苁蓉：高大草本，高40-160厘米，大部分地下生。茎不分枝或自基部分2-4枝，下部直径可达5-10（-15）厘米，向上渐变细，直径2-5厘米。锁阳：多年生肉质寄生草本，无叶绿素，全株红棕色，高15-100厘米，大部分埋于沙中。
2、分布地区不同。肉苁蓉：内蒙古（阿左旗）、甘肃（昌马）及新疆。锁阳：分布于中国新疆、甘肃、青海、内蒙古、宁夏等地。
3、生长环境不同。肉苁蓉：喜生于轻度盐渍化的松软沙地上，一般生长在沙地或半固定沙丘、干涸老河床、湖盆低地等，生境条件很差。锁阳：锁阳生于荒漠草原、草原化荒漠与荒漠地带。多在轻度盐渍化低地、湖盆边缘、河流沿岸阶地、山前洪积、冲积扇缘地生长，土壤为灰漠土、棕漠土、风沙土、盐土。喜干旱少雨，具有耐旱的特性。