1、第一档次是天神帝俊和自然之神烛龙，分别代表着天空崇拜和自然崇拜。天神帝俊是《山海经》里地位最高的正神，太阳神、月神、四方主神，以及后羿、黄帝和蚩尤等被神话的历史人物，都是天神帝俊的下属。烛龙(烛九阴)在《山海经》里是人面蛇神的异兽形象，但从它呼气成风，主宰四季更替和昼夜变化的能力来看，这应该是上古时代的自然之神。人类历史上最早出现的神应该是天神、地神和自然之神。但《山海经》只有帝俊和烛龙，却没有记载地神。道教神话里的地神“后土皇地祇”，身份是一位女神。《山海经》虽然也记载了后土，但他是共工的儿子，夸父的祖父。并不是上古时代的正神，而更像是一位部落首领。
2、第二档次是太阳神羲和与月神常羲，分别代表着太阳崇拜和月亮崇拜。《山海经》提到的羲和、嫦娥，都是天神帝俊的妃子，她们的地位比帝俊低。人类对日月等天体的崇拜现象，是天空崇拜的衍生物，可以追溯到1万年前的新石器时代初期。而中国的太阳神和月神，都是女神的形象，大约起源于母系氏族社会。从神话流传的区域来看，她们是上古时代东夷部落的首领。
3、第三档次是西王母和东王公，分别代表女性神和男性神。在道教神话里，西王母是西方主神，也是女仙的首领。东王公是东方主神，是男仙的首领。根据王国维先生的研究，西王母和东王公在上古时代已经出现了，与东夷和华夏两个族群有很深的历史渊源。在距今大约5000年前，中国东部比西部更早进入父系氏族社会。因为部落首领的性别不同，神话人物也开始出现差异。有一种观点认为，《山海经》里的西王母是生育之神女娲的原型，东王公是人文始祖伏羲的原型。这2位上古正神，在汉代衍生出许多神话人物，他们代表了华夏文明发展的历史阶段。
4、第四档次是上古四方神，他们分别是东方木神句芒、西方金神蓐收、南方火神祝融和北方海神禺强。这4位上古正神是华夏四方的区域神，即象征着春、夏、秋、冬四季，也代表着金、木、水、火、土五行。根据历史学的研究，四季和五行观念的产生，不会早于夏朝。也就是说，《山海经》里的上古四方神，是夏朝以后的神话传说中才出现的。