南京审计学院设置国际审计学院、会计学院等21个专业学院（教学部），政府审计学院、审计与评估研究院等10个特色学院（研究院）。截至2021年5月，南京审计大学设有33个本科专业。其中，审计学、金融学、财政学为教育部特色专业建设点，审计学、金融学专业为教育部“专业综合改革试点项目”。
南京审计大学不是双一流大学，该校是江苏省属重点建设高校，是中国唯一以审计命名的高等学府，是中国审计高等教育发源地之一。南京审计学院的审计学专业是一门较强的创新意识和继续发展潜力的学科，是南京审计学院的招牌专业。财政学专业属于应用经济学科，学生主要学习财政税收方面的基本理论和基本知识。金融学院金融学专业可追溯到上世纪50年代，是南京审计学院的老牌专业。毕业后可以在银行、证券、投资、保险及其他经济管理部门和企业从事相关工作。