1、通风保存，腌制好的咸鸭蛋可以从汤汁里面捞出来，然后吹干后放入在篓子里，直接放在阴凉通风处保存，这样的话不容易变质。如果是熟的咸鸭蛋，把表面的水分擦干，然后同样放在阴凉通风处进行保存。一般这样存上1-2个月是没有任何问题的。注意在保存的时间段里，要经常观察一下咸鸭蛋的情况，也可以经常翻动一下，这样会保存的的更好。
2、盐水保存，生的咸鸭蛋在没有煮熟的情况下是不能长时间放在盐水里的，否则容易变坏，但是煮熟的咸鸭蛋却可以。因此可以把生的咸鸭蛋先洗干净煮熟，然后把煮熟的咸鸭蛋一个个的放入到盐水中浸泡保存，想吃的时候拿一个，非常方便。盐水保存的罐子最好的玻璃罐子或者是陶罐，千万不要用塑料的罐子，否则容易产生一些有害物质。
3、冷藏保存，当夏天气温特别高的情况下，最好是放入冰箱当中进行保存。尤其是有一些咸鸭蛋在腌制、煮的过程中会有磕碰，蛋壳表面会出现大大小小的裂缝，如果在夏季气温高的情况下，一直放在外面没几天就会变质发臭。所以需要在夏天的时候放入冰箱冷藏，但是温度不能设置太低，一般4度就可以了，这个低温区既不会让食物冻坏影响咸鸭蛋的口感，又可以让咸鸭蛋保存得当不变质。