1、观念不同。天主教教堂：有神父、修女。神父修女是不能够结婚的。基督教教堂：只有牧师，牧师可以结婚生子。
2、信仰不同。天主教教堂：在信奉耶稣的同时也尊敬耶稣的母亲，天主教认为耶稣的母亲是伟大的不同于平常人的所在。基督教教堂：不信奉耶稣的母亲，在教堂内也没有她的神像，因为他们认为耶稣的母亲只是个平凡人，和普通妇女没有什么两样。
3、教堂内部设置不同。天主教教堂：中间有耶稣基督的十字架苦像外，两边有时还会有圣母玛利亚、大圣若瑟等圣人圣女们的圣像，四壁还有耶稣基督走过的十四处苦路像。基督教教堂：一般只有一个红十字架，内部设施比较简单，也没有不会有雕像，因为基督徒认为耶稣已经复活，十字架代表的是基督的救恩，因此不需要放上耶稣受难的塑像。