1、雪莲菌及时放入冰箱冷藏室。应把雪莲菌放在低温冷藏室以长久存放，千万不要放在冷冻室，在冷冻室里，它们几乎不生长，也不发酵。冷藏时有可能因为比较冷，会有点变小，这是没关系的，放心冷藏就行。重新饮用时，先将雪莲菌冲洗干净，放入少量纯奶，只要能盖住它们就行。第一天发酵的先不要喝。第二天再喝。
2、倒入纯奶保存。如果没有冰箱，可以找个空玻璃瓶倒入高于雪莲菌两倍的纯奶，再加入高于它一倍的水，最后盖上有透气孔的盖子即可。这样保存20天上下不成问题，注意要放在阴凉干燥处，不能太阳直射和暴晒。不过菌菌会发出难闻的异味儿。重新饮用时，要将雪莲菌先清洗干净，再放少量奶，第一天不喝。如果菌身上的异味儿很重，那就每天重复第一天的方法，一直到菌菌身上没有异味儿了再饮用。一般情况下，第三或第四天就可以饮用了。
3、必须用玻璃和陶瓷制品盛放。不宜用铁器及金属等容器(不绣钢等耐酸金属除外)，因为雪莲菌鲜奶发酵成酸奶后，呈酸性，有一定腐蚀作用，会和活泼金属发生化学反应。而玻璃、陶瓷等制品就没问题了，但最好挑质量好的、比较结实一些的容器。
4、不要和其它生肉、剩菜之类的一起存放。如果把雪莲菌和生肉、吃剩的饭菜放在一块儿，很容易滋生细菌，并发生串味现象。雪莲菌的抗污染能力比较弱，稍有不慎就会影响菌类的正常生长。
5、如果自己出差或长期不在家，最好找熟悉雪莲菌的人保管看护。因为雪莲菌在温度三四十度时生长较快，发酵也快，要给它们常常洗澡常常换奶，最好一天一次。如果不坚持每天清洗并用鲜奶浸泡滋润它，雪莲菌会慢慢减低药效直到死去。