1、充分干燥是大多数农作物种子安全贮藏的关键，对黄豆来说，更为重要。一般要求长期安全贮藏的黄豆水分必须在12％以下，如超过13％，就有霉变的危险。黄豆干燥以带荚为宜，首先要注意适时收获，通常应等到豆叶枯黄脱落，摇动豆荚时互相碰撞发出响声时收割为宜。收割后摊在晒场上铺晒2―3d，荚壳干透有部分爆裂，再行脱粒，这样可防止种皮发生裂纹和皱缩现象。黄豆入库后，如水分过高仍须进一步曝晒，据原粮食部科学研究设计院试验：黄豆经阳光曝晒对出油率并无影响，但阳光过分强烈，易使子叶变成深黄脱皮甚至发生横断等现象。在曝晒过程中，以不超过44～46℃为宜，而在较低温度下晾晒，更为安全稳妥；晒干以后，应先摊开冷却，再分批入库。
2、低温密闭，黄豆由于导热性不良，在高温情况下又易引起红变，所以应该采取低温密闭的贮藏方法。一般可趁寒冬季节，将黄豆转仓或出仓冷冻，使种温充分下降后，再进仓密闭贮藏，最好表面加一层压盖物。加覆盖的和未加覆盖的相对比，在种子堆表层的水分要低，种温也低，并且保持原有的正常色泽和优良品质。有条件的地方将种子存人低温库、准低温库、地下库等效果更佳，但地下库一定要做好防潮去湿工作。贮藏黄豆对低温的敏感程度较差，因此很少发生低温冻害。
3、及时倒仓过风散湿，新收获的黄豆正值秋末冬初季节，气温逐步下降，黄豆入库后，还需进行后熟作用，放出大量的湿热，如不及时散发，就会引起发热霉变。为了达到长期安全贮藏的要求，黄豆入库3～4周左右，应及时进行倒仓过风散湿，并结合过筛除杂，以防止出汗发热、霉变、红变等异常情况的发生。根据实践经验，黄豆在贮藏过程中，进行适当通风很有必要。贮藏在缸坛中的黄豆，由于长期密闭，其发芽率还比仓库内贮藏的为差。适当通风不仅可以保持黄豆的发芽率，还能起到散湿作用，使黄豆水分下降；因黄豆在较低的相对湿度下，其平衡水分较一般种子为低。