1、概念不同：鼹鼠是哺乳动物，属于鼹形鼠科，鼹鼠亚科。土拨鼠是啮齿目其中一种，旱獭属，又名土属拨鼠草地獭。属于松鼠科，地松鼠亚科。
2、种群分布不同：鼹鼠在我国广泛分布，国外广布于欧亚大陆和北美洲。土拨鼠主要分布于北美大草原至加拿大以及俄罗斯，中亚和东欧草原。
3、食物不同：鼹鼠主要以昆虫为食，也食蚯蚓、蛞蝓、两栖类、爬行类、小鸟等动物。土拨鼠主要以素食为主，食物大多为蔬菜、苜蓿草、莴苣、苹果、豌豆、玉米及其它蔬果为主。
4、昼夜活动不同：土拨鼠多数在白天活动，喜群居，善掘土，所挖地道深达数米，内有铺草的居室，非常舒适，它们不贮存食物，而是在夏天往体内贮存脂肪以便冬季在洞里冬眠。鼹鼠白天住在土里，夜晚才出来捕食昆虫，喜欢吃农作物的根。