1、水质不同
天然水：又称为山泉水，取自污染较少的地表水或地下水，经过深度过滤或一系列处理工艺净化消毒后制成的，是符合人体营养生理功能需求的“健康水”。
天然矿泉水：从地下深处自然涌动的或经过人工揭露的未受污染的地下矿水，一般在地层深部循环形成，含有特殊的化学成分和物理性质。
也指从地下深处自然涌出或钻井采集的。取水难度比较高，但是营养作用好。
2、矿物质含量不同
天然水：含有一定量的矿物质，但含量低于矿泉水，水质呈天然弱碱性。
天然矿泉水：含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体矿泉水中含有较多的矿物质，某些特定元素对人体饮用有保健作用。
3、效能不同
天然水：包括江河、海洋、冰川、湖泊、沼泽等地表水以及土壤、岩石层内的地下水等天然水体，来源较多，又因为不同地方的天然水差别很大，其中的矿物质含量、微量元素等也因地域的差别有很大的不同，所以，无法简单地评价哪种天然水有更好的效果。
天然矿泉水：它对人体的新陈代谢具有一定的促进作用。此外，微碱性类矿泉水，不仅适合人体内环境的生理特征，还有利于维持正常的渗透压和酸碱平衡，促进新陈代谢，加速疲劳恢复。