1、水中保存。在睡莲根冬季保存中，可以在冬季来临前把睡莲根挖出，然后用水清洗掉根系上的淤泥;放在淡水中浸泡，水位刚好淹没住睡莲根，并在上面盖上一层薄膜，睡莲根在水中能保存两个月左右。
2、冷冻保存。修剪好睡莲根，放在透气的容器中，并放置在冰箱中冷藏，冷藏的温度设置成5℃，并且周围的湿度要控制在60%以上;冷冻睡莲根能保存100天左右，等入春后再拿出来栽种到泥土中即可。
3、通风保存。把睡莲根从淤泥中挖出，不要用水洗掉淤泥，用干净的纱布包裹起来，放在透气透风的地方保存;不需要用水将睡莲根表面打湿，适当的剪掉长出的嫩芽，这种方法可以保存至春季来临。
4、真空保存。选择最粗壮的睡莲根，然后放入盒子中密封起来，用工具将盒子中的空气全部吸出，睡莲根会悬浮在空中，直至需要种植的时候再拿出即可;睡莲根不会在真空中腐烂，并保存时间非常久。