1、碳铵是一种不稳定的化合物，容易自行分解为氨、二氧化碳和水，造成氮素的损失。温度越高，分解越快。据测定，在20℃时，碳铵在室内敞放1天，氮素挥发8.86%；敞放半个月，氮素挥发77.25%，因此贮存时一定要密封牢固。存放室内，塑料袋包装不能破损。贮存氨水时还可加一层废机油防止氨挥发。氮素化肥、过磷酸钙严禁与石灰、草木灰、钙镁磷肥等混合堆放，以防止氮素化肥挥发损失和降低磷肥的肥效。
2、大部分固体化肥具有吸湿性，有的甚至受潮后结块变质。如碳铵易吸湿造成氨挥发损失；氯化钾有吸湿性，受潮易结成块状；硝酸铵吸湿易结块、潮解；过磷酸钙吸湿后结块影响施用效果等。因此，一定要放在干燥、阴凉、通风的地方，贮存时应先用砖石、木板或其它东西势起来防潮防水。化肥堆放的高度一般不要超过2米，而且时间不宜过长，以防结块而增加施用难度。
3、氮素化肥经日晒或遇高温会加快氨的挥发损失；硝酸铵、硝酸钾这类化肥易燃易爆，贮存时要严防烟火、剧烈碰撞或太阳直射，也不可与柴油、汽油、木柴、硫磺碰撞或太阳直射，也不可与柴油、汽油、木柴，硫磺等易燃物堆放在一起，防止爆炸而造成火灾。石灰氮中常含有少量碳化钙杂质，在吸湿或遇水后会散发出可燃性气体乙炔，这种气体在空气中达到一定浓度遇到明火就会燃烧或爆炸，必须严禁日晒、烟火。细菌肥料存放中应防热防晒，装在黑漆布口袋内，以防其中的细菌被晒死失去作用。