1、外形不同：牛肚菌肉质比较肥厚，外形极似牛肝而得名，菌盖呈褐色半球形，下面有许多小孔，菌肉呈白色，闻上去有股酱香味；羊肚菌结构跟盘菌相似，上部呈褶皱网状，看上去像羊肚而得名，菌盖表面凹凸不一，呈卵圆形或椭圆形，表面有许多小凹坑，子实层由侧丝和子囊组成，侧丝基部膨大，上面有不规则的槽。
2、产地不同：牛肚菌多产自云南、四川等地，且在四川西昌产的最多；羊肚菌产地居多，在我国西藏、新疆、青海、陕西、甘肃、北京、山西、河北、河南、湖南、贵州、云南等地比较常见。
3、功效不同：牛肚菌具有抗病毒、促消化、健脾、降血糖的效果，常食用可养血、舒筋活血、补虚、降血压等。羊肚菌具有提神补脑、壮阳、排毒养颜、改善睡眠的效果，常食用可增强人体免疫力、治阳痿、性冷淡等。
4、价格不同：牛肚菌分布区域少，在市场上很少见，一般野生的在30～250元左右一斤；羊肚菌分布范围广，一般市场价在四五百元左右一斤。