沙头角陆路（公路）口岸
沙头角口岸是深圳盐田、龙岗及珠江三角洲东部地区的辅助性客货综合性口岸，位于深圳市盐田区沙头角镇西面，属于公路口岸。沙头角口岸于1984年批准对外开放，口岸管理区占地面积约4.2万平方米，其中入出境旅客查验场地5700平方米，入出境货物查验场地3.6万平方米。旅检大厅设在口岸区中间，东侧是出境货检场，西侧是入境货检场。共设有入出境车辆检查通道10条(入、出境各5条)，查车台15个；入出境旅客查验通道22条(入、出境各11条，其中人工查验通道6条，自助查验通道5条)。沙头角口岸每日7:00时开闸，旅客通道22:00时关闸，运行15小时；车辆通道22:00时关闸，运行15小时。
皇岗陆路（公路）口岸
皇岗口岸是目前我国规模最大的客货综合性公路口岸，位于深圳市福田区南端，与香港新界落马洲隔河相望，口岸南面的皇岗—落马洲大桥横跨深圳河连接深港两地，也是深圳唯一全天开放的公路口岸。皇岗口岸是配合广深高速公路建设新开设的口岸，1985年5月开始建设，占地面积101.6万平方米。1994年11月3日起，开辟两条货检通道试行24小时通关。2003年1月27日零时起，皇岗口岸实行旅检通道24小时通关。
莲塘陆路（公路）口岸
莲塘口岸位于罗湖区莲塘街道西南角，是深圳市规划建设的第七座跨境陆路口岸，为客货综合性口岸，也是中国车辆“一站式”通关模式的改革试点口岸。莲塘口岸主体建筑采用架空设计，一层为货检区，二层高架平台为旅检区，货检、旅检在空间上垂直分布，最大限度集约化利用场地空间。口岸采用“两地两检”查验方式和车辆“一站式”通关模式，设计通关能力为旅客30000人次/日，车辆17850辆次/日，其中货车15000辆次/日、小客车2000辆次/日、大客车850辆次/日。莲塘口岸服务时间是每天7:00-22:00。
罗湖陆路（公路）口岸
罗湖口岸是改革开放前深圳仅有的两个陆路口岸之一，连接香港和中国内地的第一口岸，是深圳市客流量最大的旅客入出境陆路口岸，也是国内客运量最大的公路口岸之一。罗湖口岸占地面积18107平方米，主楼高12层(含地下一层)，南、北附楼各3层，总建筑面积共70623平方米。一层为非港澳旅客入境检查通道39条，二层为非港澳旅客出境检查通道39条，三层为港澳旅客出境检查通道47条。口岸设计通过能力由20世纪80年代每天20万人次，提高到目前每天40万人次。罗湖口岸每天早晨6：30时开闸，晚上12：00时关闸，运行17.5小时。
福田陆路（公路）口岸
福田口岸是深圳旅客出入境的陆路口岸，位于福田区裕亨路，总用地面积62962平方米，总建筑面积82035.85平方米，设入出境大厅各一层，出入境通道共146条。出境大厅内设有边检通道78条（自助式通道20条、人工验放通道58条），入境大厅内设有边检通道68条（自助式通道20条、人工验放通道48条），设计日过境旅客通过能力为25万人次。人行通道桥工程连接福田口岸联检大楼和香港九广铁路落马洲管制站，是连接深圳地铁4号线和香港轻铁东部支线的口岸枢纽工程。福田口岸每日6:30时开闸，22:30时关闸，口岸运行16小时。出入境旅客主要乘坐深圳地铁4号线和香港轻铁东部支线。
文锦渡陆路（公路）口岸
文锦渡口岸位于深圳市区东南角，与香港新界一河之隔，是改革开放前深圳仅有的两个陆路口岸之一，也是我国最早对外开放的客、货运综合性公路口岸。文锦渡口岸于1978年经国务院批准后对外开放，区域占地面积13万平方米，联检综合楼建筑的建筑面积20322平方米。文锦渡口岸货检和旅检通关时间均为7:00至22:00时。
深圳湾陆路（公路）口岸
深圳湾口岸是亚洲最大的客货综合性公路口岸之一，位于深圳市蛇口东角头，与香港鳌勘石连接。深圳湾口岸占地110公顷(其中香港为40公顷，深圳为70公顷)。预计日均交通量将达58600辆(其中货车43200辆次／日、小汽车13900辆次／日、大客车1500辆次／日)，过境旅客6万人次。小（客）车检查区：海关、边检分别在出入境检查通道上，各设小车通道17条、客车2条。货车检查区：在出境检查通道上，海关设27条，边检设22条；在入境检查通道上，海关设26条，边检设22条；海关二道设12条。深圳湾口岸每日6:00时开闸，24:00时关闸。