复旦大学附属华东医院三甲医院
复旦大学附属华东医院消化内科于上世纪七十年代末创立。消化内科设有2个独立的病区（普通消化病区和老年消化病区）；在医院本部和闵行门诊部开设有消化专科门诊、消化专家门诊、老年消化专家门诊及脂肪肝、胃肠动力等专病门诊；还设有独立的消化功能室。消化内科是医院重点学科，擅长诊治各类消化系统疑难杂症和重急症患者，尤其是合并其他系统多种并发症的消化道疾病。专长和重点发展方向包括：炎症性肠病的诊治（内镜室、营养科、外科等多学科诊治团队）；肝病的诊治（以脂肪肝诊治为特色）；老年消化专病的诊治；胰腺病的诊治；肿瘤的介入治疗。
复旦大学附属中山医院三甲医院
复旦大学附属中山医院消化科是卫生部首批临床重点专科、卫生部专科医师培训基地、国家药品监督管理局中山医院临床药理基地单位、内科博士点和博士后流动站。学科创始人是中国内科学奠基人之一、著名内科学家林兆耆教授。在沈锡中主任的领导下，科室在2019-2021年中国医学院校科技量值消化病学专科排行榜均居第三。消化科设有两个独立的病区；专科门诊每周6天，同时设有脂肪肝、慢性肝病、食管胃静脉曲张随访、食管疾病、炎症性肠病、肠道微生态治疗、肿瘤治疗不良反应、幽门螺杆菌感染等多个专病门诊。
上海交通大学医学院附属仁济医院三甲医院
上海交通大学医学院仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所（1984年由江绍基院士和萧树东教授共同创建）的临床和基础部分为主体组成。系国家重点学科牵头单位（1989年起至今）、国家临床重点专科、国家临床重点专科（卫生部重点实验室）、国家211工程重点学科、上海市重点学科、卫生部消化内科重点实验室、上海市消化内科临床医学中心和上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床质量控制中心。同时还是中华医学会消化病学分会官方网站《中华消化网》的承担单位。消化科内镜中心占地3400平方米、实验室面积1200平方米。
复旦大学附属华山医院三甲医院
复旦大学附属华山医院消化科成立于1964年，现为复旦大学消化疾病研究所所长单位和国家临床重点专科建设单位。同时也为华山医院分子与转化医学研究所疑难病例研究部主任单位。针对消化系统常见和危急重症及疑难病，科室提供个体化、高质量临床医疗服务，在消化系肿瘤个体化治疗和各类疑难肝病诊治方面具有特色，另外，消化内镜介入治疗肿瘤也处于国内领先地位。先后承担各类科研项目近10余项，包括国家自然科学基金课题，国家科技部“863”及“973”课题等。
上海交通大学医学院附属瑞金医院三甲医院
上海交通大学医学院附属瑞金医院消化内科1980年被国家教委和国务院学位委员会批准为硕士点，1984年批准为博士点，2000年被批准为博士后流动站。1990年被批准为国家教育部消化内科重点学科组成单位之一。1997年成为国家211工程上海交通大学医学院消化重点学科组成单位，同年被国家卫生部批准为国家药品临床研究基地。2010年入选卫计委国家临床重点专科。瑞金医院消化内科拥有消化门诊、消化病房、消化内镜中心、胃肠动力研究室和消化实验室等部门。瑞金医院消化内科学科特色主要在以下六个方面：炎症性肠病；胃肠早癌；消化内镜；胰腺疾病；胃肠功能动力障碍性疾病；消化系疑难疾病。
上海市第十人民医院三甲医院
上海市第十人民医院消化内科是国家卫生部批准的国家临床重点专科。消化内科是医院重中之重临床学科，同济大学博士和硕士学位授予点，临床医学博士后流动站,国家卫生部消化系疾病新药临床观察研究基地。担任同济大学医学院临床医疗一系（5、7、8年制）本科生和研究生的内科消化病学教学工作，并承担苏州大学、南京医科大学、安徽医科大学、南昌大学等合作院校的临床教学工作。科室设有四个亚学科：胃肠病区、肝脏病区、胆胰病区和消化内镜治疗中心，以及炎症性肠病特色专科、内镜治疗特色专科、消化疾病研究所。
上海第九人民医院三甲医院
上海交通大学医学院附属第九人民医院消化内科，是集医疗、教学和科研为一体的综合性三级甲等教学医院的专业科室，建立于1970年（大内科消化组）。消化科病病种广泛，包括上消化道出血、肝硬化及其并发症、肝功能衰竭、胃肠道肿瘤、炎症性肠病、急慢性胰腺炎等常见病、危重病，此外还收治腹膜间皮瘤、布-加综合症等少见病、疑难病。周一至周六均设有普通门诊和专家门诊，主要负责胃肠道及肝胆胰腺相关疾病的诊治。消化科于1975年开展肝脏穿刺诊断技术1994年后开展内镜下硬化剂注射治疗食管曲张静脉破裂出血，1995年开展24小时食管pH监测、食管动力测定1999年开设了脂肪肝专科门诊，与放射科合作开展原发性肝癌的化疗栓塞等介入治疗。
上海市第六人民医院三甲医院
上海市第六人民医院消化内科是聚医教研于一体的综合性科室，目前已形成小肠疑难疾病诊治专科、消化内镜诊治专科、胃肠功能障碍专科、肝胆胰专科、炎症性肠病专科5个亚学科。科室2005年成为国家卫计委（原卫生部）批准的首批消化内科住院医师培训基地，目前为国家临床药物试验GCP消化基地、国家消化内科住院医师培训基地、上海市消化专科医师培训基地，中国中西医结合学会消化胶囊内镜与肠病专家委员会主任委员单位、上海市中西医结合学会消化学会主任委员单位。
上海交通大学医学院附属新华医院三甲医院
上海交通大学医学院附属新华医院消化内科是中国首批硕博士学位授予点和博士后流动站，具有较高的临床诊疗和科研水平。目前是上海市医学会肝病专业委员会、罕见病专业委员会和食管胃静脉曲张治疗分会以及中国医师协会脂肪肝专家委员会主任委员或名誉主任委员单位，国家消化药物临床试验基地、上海市消化内科医师规范化培训基地、中国医师协会ERCP医师培训中心、上海市小儿消化与营养重点实验室组成部分。消化内科包括肝脏疾病、胆胰疾病、炎症性肠病和内窥镜诊疗四个专业组以及脂肪肝诊治中心。
上海市第一人民医院三甲医院
上海市第一人民医院消化科由中国著名的消化病学专家巫协宁教授始创于1985年，经过半个世纪几代消化科医生的艰苦努力，学科发展进入新的历史阶段。现为上海市胰腺疾病重点实验室、上海交通大学医学院胰腺疾病研究所、上海交通大学硕士、博士学位授予点和博士后流动站，卫生部消化内镜培训中心、住院医师和专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、上海交通大学炎症性肠病诊治中心所在单位，中华医学会消化病学分会常务委员、中华医学会肝病学分会副主任委员、上海市医师协会消化分会会长和上海市肝病学会主任委员所在单位。科室目前分设胃肠疾病、肝胆疾病、胰腺疾病及消化内镜诊治亚专业。