1、种类不同
檀香是山矾科、白檀种的常绿乔木，檀香是檀香树长成后分泌出的一种带香气的液体，这种液体分布在整个檀香树中就形成了檀香；而沉香是瑞香科、白木香种树木的油脂凝结成的香，不是所有沉香树都可以结成沉香。
2、产地不同
檀香原产地在印度、印度尼西亚、澳大利亚、非洲等地，现在在我国的台湾、广东地区有引种。沉香主要分布在我国的广东、海南、广西和福建等地。
3、香味不同
檀香在刚砍下时有腥味，细闻之下是刺鼻的气味，只有经过长久的存放后，檀香才会变得香气醇和；而沉香香味不浓，根据产地的不同气味也不同，但沉香香味有明显的层次变化，闻起来使人感到特别的舒服。