大铲湾水运（海港）口岸
大铲湾口岸位于珠江口仃洋矾石水道东南部，深圳西部妈湾港区以北的大铲湾内，港区地理位置优越，水、陆路交通便捷，是深圳六大水运口岸之一。大铲湾口岸区域岸线总长为11.6公里，陆域面积为10.28平方公里，拟建大型集装箱深水泊位17个，中型泊位7个及19个驳船泊位，设计年吞吐能力为1250万标箱。大铲湾口岸于2005年9月开工建设，2009年5月，国务院批准对外国籍船舶开放。2011年11月，大铲湾口岸正式通过国家口岸验收。大铲湾口岸服务时间是全天候开放。
赤湾水运（海港）口岸
赤湾口岸位于珠江口东岸、深圳市西部的南头半岛西南端，是第一个中外合资港口企业建设和经营的海港口岸，属于水运口岸，也是深圳西部港口群中规模仅次于蛇口港，功能集铁路、公路、水路等运输方式为一体的大型综合性口岸。赤湾口岸于1982年8月动工兴建，1983年10月建成一个1万吨级泊位并开港，1984年5月经国务院批准对外国籍船舶开放。港区现有泊位17个，其中集装箱专用泊位6个，码头岸线总长3176米。赤湾口岸服务时间是全天候开放。
盐田水运（海港）口岸
盐田港口岸位于深圳大鹏湾海域西北部，南与香港九龙半岛隔海相望，分为盐田港区、下洞港区和广东大鹏液化天然气（LNG）专用码头，是深圳最大的水运口岸。盐田港口岸建有大型集装箱专用泊位15个，多用途泊位3个，可停泊10万吨级以上大型集装箱船舶，开通每周近100班远洋国际集装箱班轮；其中，盐田港是我国四大国际中转深水港之一。此外，盐田港口岸还有2个特别区域，分别是下洞港区和广东大鹏液化天然气（LNG）专用码头，其中，下洞港区为深圳市东部石油、液化气等危险品码头专用作业区。盐田港口岸服务时间是全天候开放。
蛇口水运（海港）口岸
蛇口口岸位于珠江口东岸、深圳市西部南头半岛南端，属于水运口岸，是我国改革开放初期第一个由企业自筹资金建设、管理和经营的国家一类口岸，也是第一个由企业自筹资金建设、管理和经营的海港口岸。蛇口口岸已建成对外开放泊位共31个，其中集装箱专用泊位10个，多用途泊位9个，修船专用泊位4个，客运泊位8个。蛇口口岸开放时间：货运，全天候开放；太子湾邮轮母港（客运）服务时间为每天07:00至22:30。
大亚湾水运（海港）口岸
大亚湾口岸即是大亚湾核电站专用码头位于深圳市东部大亚湾畔的大坑村麻岭角，是深圳水运口岸之一。距深圳市直线距离约45公里，距香港岛约50公里。大亚湾核电站是由广东核电投资有限公司和香港核电投资有限公司合营组成的广东核电合营有限公司负责建设和经营。经国务院批准大亚湾核电站专用码头于1986年1月1日起对外国籍船舶开放。1987年3月和1989年6月，核电站专用码头和相关配套设备相继竣工投入使用，该码头建有4个泊位（该口岸由大亚湾核电站专用，不对普通旅客开放，不对外经营，数据不公开）。
妈湾水运（海港）口岸
妈湾口岸位于珠江口东岸，深圳市西部的南头半岛西侧，东接赤湾港，南面向伶仃洋，是深圳六大水运口岸之一。妈湾口岸于1987年开始建设，1990年7月建成第一个3.5万吨级多用途泊位，1990年2月经国务院批准对外国籍船舶开放，码头岸线总长3877米，该港区现有泊位14个（其中集装箱专用泊位3个，煤码头专用泊位2个）。妈湾口岸服务时间是全天候开放。