上海交通大学医学院附属瑞金医院三甲医院
上海瑞金医院耳鼻咽喉科传承百年瑞金“广博慈爱，追求卓越”的精神，充分依托瑞金医院的综合优势，发展成为亚专业齐全的科室。如耳显微手术：上海瑞金医院耳鼻咽喉科创立以来就一直致力于慢性化脓性中耳炎的治疗，解决患者的耳道流脓和听力改善等问题，近来更添置了先进的手术显微镜和电钻用以保证手术的质量，手术效果好，并发症少。阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（鼾症）手术：作为国内较早开展此项手术的科室之一，至今已累计数千例的临床资料，在适应症选择及重度患者的综合治疗等方面积累了丰富的经验。
上海交通大学医学院附属第九人民医院三甲医院
上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科成立于1951年。2015年，上海交通大学医学院附属第九人民医院与第三人民医院正式合并，重组后成立耳鼻咽喉头颈外科。重组后的耳鼻咽喉头颈外科，下设耳神经颅底外科、鼻及鼻畸形外科、咽喉头颈外科及听力中心等亚专业，是上海市耳鼻咽喉科学住院医师/专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地、上海市人工耳蜗植入定点医院、上海市儿童听力障碍诊治中心、上海交通大学医学院耳科学研究所及上海交通大学医学院耳鼻咽喉科学系所在单位。
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院三甲医院
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院耳鼻咽喉科是全球规模较大的耳鼻咽喉头颈外科疾病诊疗和科研中心之一，是我国首批国家级重点学科和硕士博士授予点，连续多年在全国耳鼻咽喉科专科排名（复旦版）中和国家卫计委国家临床重点专科排名中位列第一。在听觉言语疾病、耳神经颅底外科、耳显微外科、耳整复外科、眩晕、耳鸣和耳聋的精细诊断和个体化治疗、头颈肿瘤的综合治疗和皮瓣修复、鼻内镜和鼻颅底外科以及气道异物和咽喉、嗓音疾病的诊治方面处于国内较高水平。
上海交通大学医学院附属新华医院三甲医院
上海交通大学医学院附属新华医院耳鼻咽喉头颈外科建立于1958年，由中国著名耳鼻咽喉科专家毛承樾教授创建。新华医院耳鼻咽喉头颈外科在专业领域综合实力全国排行稳居前十位，是“卫生部国家临床重点专科”、上海市“重中之重”临床重点学科、中国残联及上海市人工耳蜗植入定点单位、上海市耳鼻咽喉质控中心、上海市儿童听力障碍诊治中心、上海市住院医师及专科医师培训基地。学科下设耳神经及颅底外科、头颈肿瘤及咽喉外科、小儿耳鼻咽喉科、鼻外科等三级学科。
复旦大学附属中山医院三甲医院
复旦大学附属中山医院耳鼻咽喉科创建于1945年，是国家重点学科耳鼻咽喉科学的组成单位，上海市住院医师规范化培训基地，耳鼻咽喉科学硕士、博士点，目前科室以头颈肿瘤综合治疗为特色，同时涵盖耳鼻咽喉头颈外科各亚专科疾病的诊治。科室设有颈部肿块、鼾症、眩晕和耳聋四个专科门诊，能治疗耳、鼻、咽、喉科各类常见病及疑难杂症，并能开展耳、鼻、咽、喉科各类手术，尤以头颈肿瘤的综合治疗（喉癌、鼻腔及鼻咽部肿瘤、腮腺、下颌腺肿瘤和颈部肿块等），中耳炎的显微手术治疗、鼻息肉鼻窦炎的内镜微创治疗、鼾症的综合诊治为特色。
上海市第一人民医院三甲医院
上海市第一人民医院耳鼻咽喉—头颈外科于1945年聘请孙成壁担任特约主任，1946年独立成科。解放后，历经胡懋廉教授、李继孝教授、尹惠珠教授、许时晖教授、刘思良教授和董频教授等几任科主任努力，目前通过国家临床重点专科验收。耳鼻咽喉—头颈外科是上海交通大学硕士、博士学位授予点和博士后流动站，上海市耳鼻咽喉—头颈外科住院医师培训基地，南京医科大学硕士、博士学位授予点。耳鼻咽喉—头颈外科在喉癌、下咽癌和头颈肿瘤的诊断和手术治疗方面在全国具有较高水平。特别是在保留喉功能的喉癌和下咽癌综合治疗方面具有显著优势。
复旦大学附属华山医院三甲医院
复旦大学附属华山医院耳鼻咽喉头颈外科建科30余年，病种覆盖耳科、鼻科、咽喉科及头颈外科常见疾病。华山医院作为复旦大学附属教学医院，自90年代起即成为耳鼻喉科硕士授予点，后于2000年起成为博士授予点。科室目前开展了面瘫、过敏性鼻炎、耳聋、嗓音、鼾症及头颈部肿瘤等专病门诊，在耳鼻咽喉头颈外科常见病多发病的诊疗同时，并与神经外科、心胸外科一起开展了颅底肿瘤、鼻窦肿瘤；下咽癌胃上提、胸段食管癌等大型手术，积累了较多的临床诊疗经验。
上海市第六人民医院三甲医院
上海交通大学附属第六人民医院耳鼻咽喉科于1904年建立，1985年建立内耳电生理研究室，1989年建立上海市听力测试中心，2002年成立鼾症诊治中心，2005年成立上海市第六人民医院耳鼻咽喉科医疗联合体，牵头成立上海交通大学耳鼻咽喉科研究所，2009年建立上海交通大学眩晕疾病诊治中心，2010年成立上海东方耳鼻咽喉科研究所，2011年入选卫生部国家临床重点专科，2013年入选上海市“重中之重”重点学科，2018年获准建设上海市睡眠呼吸障碍疾病重点实验室。学科分设耳科、鼻科和咽喉头颈外科三个亚学科。